مهمترین مشکل عملیات سندبلاست، معضلات زیست محیطی آن می‌باشد. خطر این عملیات به علت میزان تراکم خیلی زیاد گرد و غبار است که در حین عملیات ایجاد می‌شود. در تمیزکاری با سندبلاست، از روی سطوح فلزات زنگ‌زده یا رنگ‌زده، ذرات اکسید آهن و ذرات فلزات سمی نظیر ترکیبات سرب، جیوه، روی و کادینوم کنده می‌شود و همین امر خطرات بیماری‌های ناشی از این عملیات را بالا می‌برد. لازم به ذکر است در سال‌های گذشته حداقل ده‌ها مورد مرگ ناشی از سیلیکوزیس در کشور گزارش شده که به علت استنشاق سیلیس موجود در محصولات معدنی رخ داده است اما با این وجود باز هم به بیماری‌های ناشی از این کار و محیط آن توجه لازم نمی‌شود. نظر به ماده 2 آیین‌نامه بهداشت و تصویب‌نامه هیات وزیران درباره آلودگی هوا و مصوبات 134، 135، 136 و 240 شورای عالی حفاظت محیط زیست و با توجه به تعریف کمیته ملی یونسکو (آلودگی هوا عبارت است از حضور مواد سمی، آزار دهنده و یا صدمه زننده به اموال و حیات گیاهان، حیوانات و انسان) ضرورت حذف سیلیس و اصلاح سیستم سندبلاست واضح و ضروری می‌باشد. البته متریال جایگزین سیلیس مانند مس‌باره و سنگ‌باره نیز عرضه شده که مشکلات زیست‌محیطی سندبلاست را کاسته ولی در مقایسه با روش مذکور 2 تا 4 برابر گران‌تر می‌باشد. با این حال افرادی که در این زمینه کار می‌کنند نیاز به رعایت موارد ایمنی و بهداشتی بسیاری دارند اعم از استفاده از ماسک‌های تنفسی مخصوص، سیستم تهویه مجهز به اکسیژن و استفاده از روش‌های پیچیده کاهش آلودگی در محیط کار و… .
مشکل دیگر سیستم بلاستینگ نیاز به آسیب‌شناسی و لکه‌گیری سازه هر چندسال یک‌بار می‌باشد که اگر این کار صورت نپذیرد خوردگی بوجود می‌آید و این خوردگی توسعه پیدا کرده و از آن نقطه که معمولا نقطه‌ی اتصالات است، سازه را دچار ضعف می‌کند.
از مشکلات دیگر سندبلاست صدمه دیدن و زخمی شدن سطوح سازه می‌باشد. ذرات سیلیس با قدرت به سطوح زنگ‌زده و رنگ خورده کوبیده می‌شود و در حین برداشتن نواقص به بافت سالم آهن نیز صدمه وارد می‌کند و به اصطلاح گوشت آهن کنده می‌شود و از استقامت آهن و فولاد کاسته می‌شود.
بعد از سندبلاست باید در سریع‌ترین زمان ممکن سازه با پوشش‌های مناسب کوت شود چرا که قطعات سندبلاست شده سریع‌تر در معرض خوردگی قرار دارند اما به‌طور معمول این مهم، در فاصله زمانی استاندارد انجام نمی‌شود.
کلیه روش‌های بلاستینگ بسیار زمان‌بر و پرهزینه هستند و معمولاً تجهیز کارگاه در محیط‌های شهری با دردسرهای فراوانی از جمله اخذ مجوزهای مربوطه، قنداق کردن کل سازه و استفاده از ابزار دست و پاگیر، همراه می‌باشد.
